再说李全、高均德两部在两河关(今旬阳西北)、茅坪(今洋县北)等地亦屡次失利，遂西进凤县，经略阳、宁羌(今宁强)入川，五月至仪陇，与罗其清、冉文俦部会合。白巾军再次全部入川，实力得到重振。待大军安顿下来，李全拿出一封信对杨怀武说：“这是你妈给你留的，说到了川北后，叫你去找虎妞、田祺、细妹子，并好好照顾好他们。”杨怀武也想去打听父母的消息，于是依依不舍的离开了李全的义军。
清廷得报白巾军漏网入川，于是再集中5万兵力，三路进击。在川白巾军，仍不改变策略，仍旧依险筑垒，固守硬拼，遭很大损失，致使罗其清、冉文俦先后被杀，王三槐被诱俘，仅冷天禄等数部转移至梁山、忠州及川东地区。
嘉庆四年初，嘉庆帝亲政，总结三年战争教训，在政治、军事上进行调整：撤换作战不力的惠龄、宜绵、景安、秦承恩等领兵大臣；任勒保为经略大臣，统一指挥川、陕、楚、豫、甘五省军队；他大力推行乡勇、团练，保甲制度，筑堡团守，坚壁清野，同时采用“剿抚并用”方针，宣传“若能悔罪投诚”、“不咎既往”。
白巾军亦接受三年战争教训，放弃固守寨垒战术，改用分散出击与流动作战相结合的战术，开始分路向川西、甘南及陕、楚作大范围的往返流动，以便于保存自己、筹集军粮、扩充人员、争取主动及伺机歼敌。白巾军的多路流动作战，在一定程度上取得了主动，部队日益壮大，清廷震动！
清统兵大臣福宁向嘉庆皇帝上奏：“贼以胁从而日增……新起之贼实多于剿除之数”；此时的清军疲于奔命，大量减员。
清领兵大臣明亮也上奏：“臣自去秋至今，日夜追贼，往返五省，所领兵3000……仅存干余”。
嘉庆帝大怒，于七月再次更换统帅，将上任仅半年之勒保“逮问治罪”，八月改任额勒登保为经略大臣。额勒登保任经略后，采取“驱各路之贼逼归川北”，然后“聚而歼之”的作战方针，同时大力推行团练、寨堡及坚壁清野政策。
至九、十月间，白巾军张汉朝战死、高均德被俘，唯徐天德部略有斩获，尤其是冉文俦之侄冉天元，一年来多次击败清军，部队又发展至万余人，活动于大竹地区。十二月间，川北各部白巾军北进陕南，一部由略阳强渡嘉陵江进入甘肃秦州、巩昌地区。清军主力尾随白巾军进入甘陕，冉天元乘虚趋定远，于五年正月十五元宵节抢渡嘉陵江进入川西，进攻蓬溪县城。
四川总督魁伦命总兵朱射斗，率兵3000人驰援，冉天元围城打援，于十九日在老虎岩以伏击战全歼清军，杀朱射斗。部队迅速发展为5万余人，声势大振。清将德楞泰急从广元、昭化南下增援。冉天元再以后退诱敌、设伏聚歼战术，在江油包围了清军温春、赛冲阿两部，予以歼灭性打击。三月，该部在马蹄岗与清军激战三昼夜，德楞泰仅余亲兵数十人，行将就歼，不料清军都司罗思举突率乡勇来援，冉天元寡不敌众，力战被俘，清军反败为胜。
冉部万余众，由张子聪等率领，南下太和镇(今射洪)，渡过潼河，进入川西富庶地区，于是成都戒严。嘉庆帝得报龙颜震怒，速令逮魁伦入京问罪，并责令其自杀，重任勒保为四川总督，主持剿抚之事。
此时，活动于湖北之徐天德、樊人杰等部白巾军，转战鄂西北，六月间在南漳马家营击败明亮部，杀总兵王凯等；十月，在远安牛鹿坡击败追击清军，杀总兵李绍祖、参将沈庆春等。而活动于甘肃的白巾军之高天升、马学理等部，由阶州(今武都)进入龙安。四月，在竹子山口击败清军，杀总兵施缙后再返甘肃；八月间，夜袭陕甘总督长麟于徽县伏家镇，杀将军富成及游击台清阿等官兵千余；九月，进至陕西，在略阳、沔县(今勉县)，杀总兵札勒杭阿，在西乡法宝山杀提督王文雄、副将鲍贵等。
白巾军虽然仍获多次作战胜利，但自身损失很大。自五年夏起，清廷“筑寨团练”及“坚壁清野”等措施逐渐生效，使白巾军在战略上开始转入被动，不仅粮源、兵源日渐减少，而且行动经常受阻，难以进行大范围的流动作战，而主要在川、陕、楚边境地区进行出击及流动。六年正月至七月间，在清军连续进击下，各部白巾军仅剩干余或数百、数十人，基本上被限制在南山老林之中。实力较强者，尚有苟文明、樊人杰及蒲景等少数几部。至七年七月时，此三部亦先后被清军歼灭。十二月，额勒登保上报嘉庆帝“大功底成，川、陕、楚著名首逆全数肃清”，实际上尚有多部小支白巾军活动于南山老林进行游击作战。八年二月，清骁将、提督穆克登布深入老林追击，为少数伏击战士格杀。八月，被清廷解散之部分乡勇，参加白巾军，不时向老林以外出击。九月，在西乡附近击败堵击的清军，杀副将朱槐。白巾军在极为艰苦的环境中，又坚持战斗1年余，直至九年九月，最后一位白巾军首领苟文润被**杀害，历时9年的白巾军(白莲教)大起义方告结束。
一个风雪交加的夜晚，在川东密林中的一个寺院山门前，一对年轻的夫妇，抱着一个一岁多的婴儿跪在雪地上，要求求见一位长老，那长老坚持不见，后来见那对男女已快冻僵了，那婴儿的哭声也越来越弱，那长老才出来说：“我主以慈悲为怀，今老衲凡心已死，只求佛主免除我的罪过，洗心革面，其余亲情子女都是过眼烟云，与老衲无关，今既已见了，从此便断绝了尘缘，请施主回去吧，菩萨保佑你们一生平安！阿弥陀佛！”
那对男女抱过婴儿对他说：“那就请师父给这孩子赐个名字吧。”
长老双手合十，道一声“阿弥陀佛”！说：“我一生本想以武止恶，以武止戈，不想反以武作孽，从而罪恶深重，你也以武杀生，罪孽不浅，就从那孩子起‘弃武’吧！就叫‘杨弃武’，字‘宁和’好了，从此子孙平平安安地过日子。”
