清末编练新军，参考了德、日军队编制，常备军平时的编制为：

每镇辖步兵两协，每协两标，每标三营，每营四队，每队三排，每排三棚；

另有骑兵一标，每标三营，每营四队；

炮兵一标，每标三营，每营三队；

工程兵一营，每营四队；

辎重兵一营，每营四队。

步、炮、工三个兵种，每队三排，每排四棚；

骑兵每队两排，每排二棚；

辎重兵每队两排，每排三棚。

各兵种每棚目兵十四名。

总计，全镇官长及司书等七百四十八名，弁目兵丁一万零四百三十六名，夫役一千三百二十八名，全镇共计人员为一万二千五百十三名。

袁世凯共编练六镇新军，需要时两镇组为一军，其中第三镇是袁世凯的基本力量，是他从山东巡抚任上带来的“亲兵”，为北洋军的主力，装备最好。

光绪三十年（1904年）6月，“武卫右军”改为“北洋陆军”，段祺瑞任第三镇统制官。

光绪三十年（1904年）11月，清政府决定以北洋新军为模范，在全国编练三十六镇军队，为此，清政府成立练兵处，以庆亲王奕劻为总办，袁世凯会办，王士珍为军政司正使，负责练兵处规划、日常事务。

原北洋督练公所裁撤，绝大部分人员跟随王士珍前往练兵处当差，吴佩孚这种不便出现在清政府练兵处名册上的人，被袁世凯指使王士珍全都安排到了他的铁杆部队第三镇。

所以，当时还在俄军监狱里的吴佩孚，已经调任北洋军第三镇待委了，不过吴佩孚要到回去报到时，才知道这一切。

此时的日俄战场正在发生重大转变。

1905年1月2日，旅顺的俄军正式签订投降文书，此时俄军尚有官兵3。24万名，火炮610门，炮弹20。3万发，整个旅顺战役过程中，俄军损失4。4万余人，日军损失约6万人，日本赢得惨胜。

日军不惜一切代价的争夺旅顺，是因为旅顺不仅牵制着大量日军，而且只要旅顺口的俄国舰队还存在，日军就无法决定这场战争的结局，俄国从欧洲调来的太平洋第二分舰队早就出发了，一旦抵达、就可能改变海上形势，并切断日军海上补给线，那样、日军将陷入全面被动，旅顺这场陆地战争的目的，其实是为了争夺战争胜负的关键————制海权。

这是回到芝罘岛后，吴佩孚通过与守田利远、高山开藏聊天才知道的，吴佩孚也是从这时候开始，对战争的理解发生了重大变化，眼光不在局限于一场军事战斗了。