收复南投全境之后，中国军队基本上没有后顾之忧，经过36个小时的准备工作，大军便开始渡河行动，分兵四路从二水到松柏坑一带渡过浊水溪。

河对岸几乎没有什么抵抗，日台联军也知道，在没有制空权的情况之下，想要在平原地带抵挡对手攻击，那简直是自寻死路。有零零星星的小抵抗，很快就被全部消灭。

渡过浊水溪之后，对面是台湾最大的平原——嘉南平原。至此，台日联军已经是基本上没有任何可以阻挡中国大军的天险，他们只能依赖嘉义和竹崎两座较大的城市，准备用巷战来阻挡中国军队的南下攻击。

守卫嘉义和竹崎两座大城的，是日本陆上自卫队第三师团和台军海军陆战第99旅，以及一些从台湾北部败退下来的台军。其实，第三师团在台北之战中，虽然损失不如第六师团，可是他们的伤亡也不小，大约损失了三分之一的战斗人员。在向南败退的时候，他们一路遭到空袭，几乎所有的重武器都已经损失殆尽。

在得到中国军队已经渡过浊水溪的消息之后，第三师团紧急撤离嘉义和竹崎。按照日本人自己的说法，是叫做“转战”，他们要从嘉义转战到台南。其实就是撤退，说难听点叫败退，只不过日本人从来都是叫做“转战”。事实上，第三师团放弃嘉义也是有道理的，他们想要退到台南，和那里的第七师团以及第九师团会合，准备在台南市到高雄市之间，同中国军队进行最后的决战。

对于日台联军而言，有利的条件是：已经属于台湾南部的嘉义地区，当地民众主要是支持台独的绿营。在1895年《马关条约》把台湾割让给日本之后，日本就在嘉义设了总督府。1906年嘉义大地震，死伤惨重。后来日本人重建嘉义的时候，从本土迁徙大批日本人进入嘉义。因此，在嘉义市有不少当地人其实是日本人的后裔！

那些日本人的后裔，他们根本没有把自己当成中国人，早就想着要把台湾并入日本的领土。在1942年，日本面向台湾征兵，到了1943年的时候，台湾人参加日军的居然达到60万人！在台南地区，很多台湾当地人连国语都不会说，他们极度仇视中国大陆，当然他们也极度仇视国民党。

中国军队一路南下，不费吹灰之力攻克竹山、云林和斗南。可是在一路上，却有不少极度仇视大陆的“阿土伯”们躲在平民中向路过的中国士兵开枪，有人从人群中跳出来投掷手榴弹，还有一些被日本武装起来的日本后裔在公路上埋设地雷，在黑夜开枪袭击我军营地外的站岗哨兵，这些行动都造成我方极大的损失。

随着武警部队进入台湾之后，局面有所改观，主力部队在攻克城镇和乡村之后，不在人多的地方逗留，而是选择远离那些台南民众的空旷地扎营。收复地区的治安工作，就由原台湾警察，蓝营的国民党军队和投诚台军来配合我们的武警部队来执行。

由于原来台湾北部的警察队伍在战争中受到损失，而且在平定南部叛乱，需要调遣警察部队，此时台湾的警力已经明显不足。因此，在已经收复的台北、宜兰、桃园和新竹等地，开始进行大规模招收警察的工作。

大批民众前来报名参加警察队伍，由原来的台湾警察户籍簿部门对前来的报名者进行甄别，根据确认是蓝营民众，当过兵的优先，上过警校的优先原则，从中挑选出一批蓝营和深蓝的民众来参加警察队伍，其中，一些曾经当过特种兵的、身手敏捷的年轻人被选中，参加霹雳小组、特勤队和攻击营等特警部队。被录取的普通民众，分别加入保安警、户籍警、交通警、消防警、民防警、巡警、公路巡警、海岸巡警、狱警、法警等各种警种（台湾警种和大陆略有不同）。警察队伍的壮大，可以有效的阻止台独分子滋事。

从台湾北部调遣警察进入台中、彰化和南投等绿营势力比较大的地区，我武警部队在那些台湾警察的配合下，开始在已经收复的地区进行抓捕台独分子的行动。

大批台独分子被捕，台湾的监狱已经人满为患，大部分台独分子被送到大陆接收审判。在经过正义的审判之后，他们将会被关押到监狱中。而其中的一小部分首犯，则在台湾当地审判，被判处死刑，押赴各刑场执行枪决。

被俘的日本自卫队员，则由我军方进行审判，经过确认之后，那些右翼分子被判处死刑。普通的日本自卫队员被移交至由国民党设立的战俘营收押，准备对他们进行强制劳动改造。在战俘营，还定下严格的规定：所有的战俘被分成一个个劳动小组，在一个小组中有一人消极怠工，整个小组都会受到减少口粮的待遇；如果有一人企图逃跑的，其他人知情不报，整个小组全部枪决；如果其他人汇报有人企图逃跑，则受到相应的奖励。这样，就能让那些战俘自己之间相互监督。

其实，当年的苏联，对待战俘是很有一套方法：日本关东军被苏军俘虏之后，苏联人把他们送到西伯利亚强制劳动，消极怠工者受到减少食物和不发冬衣的惩罚。后来因为口粮不足，甚至有一批“表现不佳”者被苏军枪决。包括冻死、饿死在内，一共有五万多日本战俘死亡。事实证明，苏联那一套改造战俘的方式更为有效：他们不敢偷懒，干活十分卖力，还经常参加社会主义劳动竞赛。等到那些日本战俘返回国内的时候，他们是唱着国际歌回去的，给前来迎接的日本右翼分子一记响亮的耳光！也正是因为苏联成功改造日本战俘，也埋下后来在日本诞生赤军的根源。

正是因为日本战犯在中国没有受到应有的惩罚，才导致现在的日本敢于对我们叫嚣。可是用劳动改造战俘，这个不符合我军的政策。不过这里是台湾，在一个有行政自主权的台湾，由台湾方面进行审判，用劳动改造战俘，就不会违反我军政策。这个和渔民杀死日军飞行员的道理一样，平民有权利杀死入侵者，不管侵略者是不是已经放下武器。

事实上，这个叫灵活对待，在上级政策尚未改变之前，只能采取这样的措施，才能真正惩罚那些不该踏上我们领土的侵略者！

主力部队攻占斗南之后，又向南推进到大林一带，在那里经过三天三夜短暂的休整，便开始向嘉义和竹崎两城发起进攻。在地面部队进行短暂的休整期间，空军和海军航空兵持续对两城进行精确制导武器的攻击，在电子干扰机的压制之下，战机把城内的防空力量全部摧毁，并摧毁85%的守军重武器，造成守军人员三分之一伤亡。

主力部队很快就渡过一条不宽又不深牛稠溪，先头部队攻占嘉义和竹崎两城之间的空地，作为装甲部队发起攻击的出发地。

中国军队以42集团军担任主力，在其他兄弟部队的配合下向嘉义城进攻；以31集团军担任主力，在其他兄弟部队的配合下，向竹崎城发动进攻。