按照李三娘和李琇蜜的整改方案，娘子军从以下几个方面进行改革：

一，打乱现行的分制，重组各部，并根据当前以及今后一段时间内的需要，将全军分为六个分部，包括步军、马军、水军（负债水战和水陆战）、工军（负债武器马匹供应，且行军时逢山开路、遇水架桥，战船建造）、前军和后军（负债粮草钱财和各项内务），娘子军总部统管各部；

二，重新任命娘子军总部以及各分部将领；

三，对重组后的各部人马进行为期10天“政治思想教育”，使全军将士树立起坚定的为国从兵，为民而战，同时为己建功立业的观念和意识；

四，建立严厉的军纪法规条例，开展严肃的军纪法规教育、整顿风气，杜绝一切不良习性，并在娘子军总部设立军法署，相当于一个军法监管部门，专门负责制定军法军规、整饬纪律，直接审查各部高级将官的尊法行为，向各部门派驻军法监管官，并处理违犯军法军规的将士；

五，对重组后的各部人马进行为期20天常规和特殊军事兵法教育和训练；

六，娘子军裁军精兵，将现有的9万娘子军裁去2万，这2万人中有文化和能力者转入管辖区临时府衙，从事地方治理和民众管理事务，而没有文化的人员则由临时府衙安排参与农业生产以及地方保卫工作。

李三娘与四妹召集了高级将领一同商讨李纲的管辖区治理提案和娘子军整改方案，得到了众将领的一致赞同，同时还增加了三项提议，第一项是将“军法署”改为“监军”，除负责制定军法军规，直接审查各部高级将官的尊法行为外，还应当负责监督作战。监军由总部直辖管理，派驻督军到各部执行监管。娘子军对违犯军规的将士不搞逼供、不用酷刑，任用将领以德才为上、男女不拘；第二项是组织娘子军中有文化者或请管辖区中的私塾先生给娘子军将士们授课，识字念书，以提升娘子军的文化素质；第三项是娘子军比较特殊，女子人数比起历代各朝军队都多，其中不少已经到了，甚至超过适婚年龄，娘子军应该促成这些女子与军中合适的男儿结成家庭。这样做不仅仅可以帮助促使娘子军上上下下的将士们以娘子军为家，而且也可以从一个测面防止军中可能发生的男女乱规行为。

李三娘“以身作则”，首先将跟随自己身边多年情同姐妹的“丫鬟”李巧娣许给了郭勇。在此之前，李三娘预先征求了他们俩各自的意愿，郭勇二话没说，一个“扑通”就跪倒在李秀宁面前，他从此没有再喊她“李三娘”而是喊她“三娘”，将年纪比自己小了近10岁的李三娘当成娘了。这是出自真心的，像自己这样一个草寇，如今却有幸娶到标致温顺的李巧娣，那真是祖宗18代修来的福份啊！另一方面，李巧娣也同样是双膝跪地，她喜极而泣、她忧极而泣。喜的是自己一个“丫鬟”也有了主，嫁给像郭勇这般实诚而又神勇的汉子，她是心甘情愿心有所属的，“草莽”又如何？郭勇就是她心目中的一个草莽英雄！她忧的是，自己原本一个无父无母孤苦伶仃的丫头，被李三娘收为侍女，但却从未被当作下人对待！因为李三娘从来都是把自己当作姐妹一样看待和对待的，如今就像“女儿”离开“阿娘”一样，感觉百般的不舍，她忧心日后有谁能够贴身尽心地照顾三娘的日常生活呢？她说她嫁给了郭勇，但还是要像过去那样跟随李三娘左右，李三娘笑一笑说：“妳傻呀？妳今后要照顾和伺候的人是妳夫君郭勇了。”

很快，娘子军中原本存在的许多“地下情人”，都摇身一变，成了光明正大的自由恋爱者了。“我的爱情我做主”一时成了“红区”———娘子军根据地的一个新气象。毫不夸张地说，这也是娘子军挣脱当时封建社会“父母之命、媒妁之言”之婚姻枷锁的一项创举。

于是，一切皆按照计划有条不紊地进行。说起来，还在李秀宁接管胡马帮之初，就已经为娘子军制定了严密的法令军纪，但那时候没有时间和精力来对娘子军将士进行这方面的强化教育，只是硬性规定让他们遵守执行而已，眼下的整改运动的一个主要目的就是进一步整饬军纪，但更多的是偏向于教育将士们自觉谨守这些军规法令。在军事方面的训练也更多地结合近期实战所获得的经验，从个人技能战斗力，转向为战略战术方面的提高，特别是从掠地转向攻城、从野战转向攻坚，以期让娘子军在整体战斗力方面更上一层楼。