黄巾军人数众多，而且由于刘协的一百多特种兵的加入，声势非常浩大，统治阶级因而诬称之为“蚁贼”。起义初期，黄巾军的主力分散在巨鹿、颍川、南阳等地，他们各自为战，攻城夺邑，焚烧官府，斩杀贪官污吏（斩杀贪官污吏主要是刘协派的人挑拨起来干的），扫荡豪强地主坞堡，取得了很大胜利。张曼成率领的南阳黄巾攻克郡城，杀太守褚贡。波才率领的颍川黄巾打败右中郎将朱携，并将左中郎将皇甫嵩围困在长社（今河南长葛东北）。汝南黄巾打败太守赵谦。广阳黄巾杀幽州刺史郭勋和太守刘卫。巨鹿附近的农民俘虏了安平王刘续和甘陵王刘忠。张角率领冀州黄巾攻下广宗（今河北威县东）.

北中郎将卢植引兵反扑，未能得逞。父皇改派东中郎将董卓进攻张角，同样遭到失败。与此同时，在黄巾军的鼓舞下，各地还出现了许多独立的农民武装。他们有的打着黄巾军的旗帜，有的自立名号。如汉中五斗米道首领巴郡人张修领导的起义，被统治阶级诬称为“米贼”。在冀州一带，分散的农民军更是不可胜数。先零羌、湟中义从胡、武陵蛮、板楯蛮等少数族也纷纷起义，同大汉境内的黄巾军互为呼应，声势浩大。

黄巾军在取得一系列胜利的同时，也暴露了许多弱点，如起义军各自为战，未能协调配合；人数虽多，却缺乏战斗经验，以致使东汉王朝能集中兵力各个击破。各地豪强地主利用宗族关系，组织地主武装与起义农民为敌，也增加了黄巾军的许多困难。

朝廷为了确保京城洛阳的安全，首先进攻颍川黄巾。波才领导的黄巾军因缺乏作战经验，依草结营，被皇甫嵩乘夜纵火打败，曹操、朱携又协同进攻，使数万起义农民惨遭屠杀。陈国、汝南和东郡的黄巾军也相继失败。之后朱携领兵进攻南阳黄巾军。双方争夺宛城，战斗十分激烈，黄巾军三次失而复得，使朝廷军队承受了极大的损失。但由于未能主动出击，丧失许多有利战机，加以首领韩忠动摇，使宛城终于失守。突围的黄巾军向精山（今河南南阳北）转移，被官军追击，大部牺牲。剩下的在一名特种兵的带领下进入精山躲藏了起来，直到１９０年接到刘协的收编命令。

冀州黄巾军在张角病死后，由张梁统率固守广宗。当年十月，皇甫嵩率官军偷袭黄巾军营，张梁阵亡。本来历史上将有三万多黄巾军惨遭杀害，五万多人壮烈投河而死，张角会被剖棺戮尸。张宝也随即兵败于下曲阳而阵亡。现在他们却在刘协的特种兵的带领下成功突围，随后偃旗息鼓，在各地隐藏了下来，但张梁张宝两人还是被刘协的手下设计致死，免去了夺得黄巾军控制权的困难。急功近利的朝廷官员看起义平静了，纷纷收兵，没有再搜查隐藏起来的黄巾军。

张角为首的黄巾军主力被“**”之后，其他黄巾余部和各地的农民武装，仍然坚持斗争。中平三年，黄巾余部郭大等在白波谷（今山西襄汾）聚众起义，攻打太原、河东等郡。

同年，青、徐少部分没有我的人率领的黄巾余部再起波澜；益州马相、赵祗领导农民起义，也自号黄巾，旬月之间，又攻破广汉、巴郡、犍为等郡，杀益州刺史郗俭。不过后来还是被朝廷军队给剿灭了。

黄巾起义军一度发展到拥众50万（历史上是100万），战斗力很强，他们长期在青、徐、兖、冀诸州流动作战，给当地的封建割据势力和豪强地主造成了极大的损失。

黄巾军虽然基本上都被刘协的特种兵收编了，但徐和、司马俱和管承领导的黄巾军仍分别在济南、乐安、长广等地活动。济南黄巾一直坚持到了中平五年（189年，前世历史上是坚持到了建安十二年，也就是公元207年，长打二十余年），还攻杀了济南王刘赟。

冀州的农民军有博陵张牛角、常山张燕（褚飞燕）以及黄龙、左校、于氐根、张白骑、刘石、左髭、丈八、平汉、大洪、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、眭固、苦蝤等部。这些名号大都反映了起义首领的某些特点。他们经常活动在常山、赵国、中山、上党、河内一带，多者两三万人，少者六七千人。后来张燕联络各支农民军，众至百万，号黑山军。朝廷无法用武力清剿，于是封张燕为平难中郎将，以图瓦解起义军。

张燕虽在名义上归顺了朝廷，但他骨子里是不服的，他已经对整个大汉朝廷失望了，直到刘协登基后给他送去了一幅亚洲和欧洲部分的世界地图，并问他愿不愿意跟随太子把真个世界都划入我们大汉的国土范围。

张燕被这幅地图吓呆了，他不知道世界还有这么大。最后在刘协的一番说辞中败下阵来，归顺了朝廷。