设立“特种局”，相当于特种兵机构，长官为局长，由颜良出任……
设立“工兵局”，相当于工程兵机构，长官为局长，由章平出任……
设立“文艺局”，相当于文艺兵机构，长官为局长，由许定出任……
设立“训导局”，相当于练兵机构，长官为局长，由麴义出任……
设立“教导局”，相当于宣传机构，兼顾政委的职责，长官为总教导官，由管亥出任……
设立“辅兵局”，相当于武装部，负责管理辅兵和预备役，长官为局长，由王离出任……
设立“后勤局”，相当于总后勤部，下辖医疗署、兵械署、粮秣署等机构，长官为后勤**，由蒲亮兼任……
设立“**”，纯粹的参谋机构，执行和贯彻最高统帅的意志，林宁集团高层都在**挂职，长官为参谋长，由许定兼任……
建立“亲兵营”，四百人左右，由林宁直接指挥，相当于林宁权力的最后一道屏障，地位特殊，长官为营将，由许褚出任，卢三作为副将……
此外还有岐黄省（医疗、卫生）、文教省（教育）、市易省（市场监督管理）、商政省（商务）、大匠省（科技研发，分为国防、民生）、华夷省（民族管理）、百家省（宗教管理）、水利省（水利）、直道省（交通）等机构，有的职位空缺，有的由林宁兼任。多数部门并不对外公开，渔阳高校和**军事学院也是打着开善堂的幌子，毕竟林宁不敢轻易试探大汉朝廷的底线，其中最神秘的两个部门是“锦衣卫”和“泉台”，前者是他套用了明朝锦衣卫的名字，属于文官系统管理的情报机构，后者是军方的情报机构，都直接对林宁负责。锦衣卫长官为指挥使，泉台长官为台长，由林宁兼任，武涉、戏志才分管锦衣卫，蒲亮分管泉台。
为免部门太多，号令无法统一，乃至扯皮推诿，林宁规定行政部门全部归到郡守府麾下，受郡守府节制；纯粹的军事部门则由武将管理，一级压一级，直接对林宁负责，这点理所当然，没人反对。林宁随即又规定，等以后他做了刺史，各郡、各县仍要设立类似机构，去掉那些必须由**直辖的部门，比如兵政省，则州级为“府”，郡级为“厅”，县级为“课”。县之下也不能胡乱丢给宗族自治，比如县下面还有两级架构：镇、村，镇级设“亭”，相当于派出所，保证政令能从上边一直贯彻到最底层。虽然古代尤其是东汉末年的宗族、门阀势力十分强大，皇权不下乡成为常态，但林宁相信人类总是在进步，不能因为有困难就退缩，宗族再强经历了五胡乱华也衰落了，隋朝推行科举制不就是为了打破这种垄断？老杨家的人能做到，我为什么做不到？
为了方便指挥军队，也是把人类文明几千年来摸索出来的成果在此刻绽放，林宁创立了军衔和新的军事编制。军衔从高到底分为上校（暂时设到上校）、中校、少校、上尉、中尉、少尉、六级士官、五级士官、四级士官、三级士官、二级士官、一级士官、上士、中士、下士、上等兵、列兵，军衔和职务挂钩，士兵必须无条件服从军衔高于自己的长官，士官比较特殊，属于教官，晋衔可以跳过；军事编制则是：十五万人为一军团（战时设立），设军团长、五万人为一军（战时设立），设军长、一万五千人为一师（常规最高编制），设师长、六千人为一旅（不常设，一般单独设立），设旅长、两千人为一团，设团长、五百人为一营，设营长、一百人为一曲，设曲长、三十人为一果，设果长、十人为一什，设什长、三人为一伍，设伍长。
军衔和改革后的军事编制结合，使得楚军从上到下联系紧密，只要磨合完毕，将如臂使指。哪怕主将被杀，各个作战单位也能在长官的带领下继续作战。经过一番商榷，龙且被授予上校军衔，章邯、蒲亮、许褚被授予中校军衔，章平、王离、卢三、管亥、波才、许定、颜良、文丑、麴义、太史慈皆被授予少校军衔。
这边刚把一切理顺，幽州刺史刘焉的书信就到了，称黄巾复来，幽州南部地界多受袭扰，请渔阳郡出兵剿贼。林宁算了算，张角还有几个月才病死，黄巾军正是势大的时候，现在他的功劳当一个渔阳太守还行，没有刘焉帮忙能当个县令就算烧高香了。所以窥伺幽州刺史的位置一是要有足够的功劳，二是必须刘焉在朝中帮自己说话。归根结底，刘焉既然来信，林宁不能推脱，家里有武涉、龙且守着他放心，正好还有一些牛人没发掘，便决定亲自带兵南下。
戏志才历史上是病死的，属于英年早逝，身体应该不是很好，现在林宁专门雇了一个大夫给他调养身体，军旅颠簸，林宁不打算把这个“鬼神之谋”的首席军师带上，要是落得和郭嘉一样的下场他非吐血不可。思来想去，发现崔琰和田丰最合适，崔琰乃冀州名士，交游甚广，认识的人纵然在历史上没留下名号，也是难得的人才；田丰足智多谋，更是刚正不阿，林宁就算犯了错也不怕，因为田丰绝对会指着他的鼻子指出来。虽然心里不爽，但也明白这个人是宁折不弯的诤臣，说的话还是要听的。
接下来选武将，许褚、麴义是要带的，一个统领林宁的亲兵营，一个是独立成军的先登死士的指挥官，再加一个大将章邯，此外还有波才、管亥，身为前黄巾军将领，带上他们可以起到不战而胜的作用，林宁想着决定带波才一个，波才在黄巾军中的威望比管亥大得多——还有一点，管亥、章平护送卢植去了雒阳，尚未回来。随后，林宁任命田丰为临时军师（军师地位比较高，不能乱封），崔琰为临时行军主簿，挑选楚军旧部三千人，皆为步兵，由章邯任临时统帅，授予临时上校军衔，波才任副将，授予临时中校军衔，反正都是楚军老兵，林宁一句话就可以把波才的指挥权摘掉——后来这种临时职务、临时军衔被当作传统保留下来，随时用随时扒。
之所以只选步兵，一是渔阳郡靠着乌桓人的地盘，乌桓骑兵南下的话，没有骑兵就只能依托城墙，那城外的大片地域等于丢给乌桓人糟蹋，所以要保留机动兵种和乌桓骑兵作战；二是黄巾军以步兵为主，也没有多少骑兵，楚军精锐，有没有骑兵不影响大局。
