小炫赢得了长寿大会，小智的傲骨燕在某次比赛中进化为大王燕。一次，与小智一行人相遇后，小炫得知小遥的火稚鸡进化成力壮鸡，变得更加强大。在一所天气研究所那里，小炫遇到了水舰队，不过小炫没有出手，他觉得火岩队有可能就在暗处，可惜最后还是被火岩队摆了一道，火岩队的千面人，班纳伊逃了。
一个意料之外的电话，打断了小炫接下来的安排。
清晨，小炫整理好着装，准备下去吃饭。
这时，乔伊小姐告诉了有他的留言。
小炫一脸疑问，自己这是怎么回事，他給彩子阿姨通过话了，说明不是彩子的。那是谁的？
难道是小光？小雪姐？山梨博士？还是谁？
或许是不重要的人，小炫没有急切，而是慢调丝柳地走向电话台。
点开留言，发现是真新镇的大木博士，小炫有点惊讶，大木博士找自己有什么事？自己应该没有什么事与大木博士有关？
小炫立马给大木博士打了回去，屏幕上出现了大木博士的身影，此时大木博士拿着一碗泡面，正在香甜的吃着。
“咦，小炫，终于回信了。”大木博士停止了吃面。
“大木博士要少吃泡面，对身体不好。找我有什么事吗？”小炫问道。
“小炫，我受到了一位叫荣格的邀请，就在秋叶真附近，如果你有空的话，我希望你也去，我们在那里汇合！”大木博士说明自己的来意。
“为什么？”小炫不解，这个荣格博士和自己没关系，自己为什么去，凭什么去，感觉没有面子。
“人老了，总会有点疑神疑鬼，最近我感觉有事要发生。”大木博士一脸严肃的说道。
“好吧，就当我是关爱老人家吧。”小炫同意了。
“好，那我们荣格博士的研究所附近汇合。”大木博士准备挂断电话。
“再见！”小炫也挂断电话。
小炫收拾了一下，就向乔伊小姐打听荣格博士研究所的位置，确定位置后，小炫出发了。
在小炫走后不久，小智一些人来到了紫堇市，准确来说是直接到了紫堇道馆的门口。
真是造化弄人！
小炫刚走，小智就来了。
正在赶路的小炫，在思考荣格博士的事，对于荣格博士的剧情，小炫记得不清楚，总之没有好事。
小炫一路走的非常慢，他在等小智。
如果自己去早，一定会打乱剧情发展，还是等小智一行人保险。
一连等了好几天，听力非常好的小炫听到了远处的动静。
“亲爱的小智，你作为神奇宝贝训练家颇有造诣，所以想邀请你来挑战我最新研发的对战系统，请务必前来我的研究所，荣格博士。”一个非常认真的声音响起，一听就是小智的声音。
小炫一看果然是小智一行人，正在赶路，应该也是去荣格博士的研究所。
“说我是优秀的神奇宝贝训练家呢。”小智一脸高兴。
“小智真是的，这封信你要读几遍才够啊！”小遥说道。
“不过那是个怎么样的对战系统呢？”小胜一脸好奇。
“我也很有兴趣知道啊！”小刚说道。
小炫一路上暗中跟着小智一行人，来到了一座建立在河畔边的雄伟城堡。
看到小智等人走进了城堡，小炫也光明正大的走了进去。
进入城堡后，小炫发现大理石铺救的地面上有许多半圆部分，应该是照明设备。
小炫没有继续想，而是看向前方，只见前方除了小智一行人还有两个人。
其中一个一头灰白的头发，身穿白色大褂，正是之前和小炫通话的大木博士。另一个是个少女，橙色单斜马尾辫，黄色短衬衫，加黄色短裤，背着一个粉色的包。
小炫一看就猜到是谁了，第一代女主，陪伴小智时间最长的女主，自称“人鱼公主”的，小霞！
此时小霞正在和小智谈话，又一点像争辩什么。
“大家都在啊！”小炫的声音，打破了整个场面。
“小炫，你也来了！”小智急忙看向小炫。
小炫点了点头。
“嗷，对了！小炫这是你的邀请函！”小刚拿出一封信，递给小炫。
小炫接过大体的看了一遍，明白了其中的内容。
“原来荣格博士也邀请了我！”小炫微笑道。
“难道，你不是吗？”小霞问道。她可是接到邀请函才来的，这个人竟然不知道。
“嗯，我是因为大木博士的邀请才来的！”小炫尴尬的摸了摸后脑勺，解释道。毕竟他不知道自己有邀请函。
“小炫，你的邀请函是和小智的一起送来的，不过一直没有找到你的人影，我们就帮你带着，准备见到后给你。”细心的小刚解释着。
“谢谢！”小炫向小刚道谢。
小刚摆了摆手，向大木博士问道：“大木博士也是收到荣格博士的邀请函了吧。”
“是的，我听说荣格七年的研究终于出成果，所以就过来一趟。另外，我邀请小炫一起到这里。”大木博士回答。
“大木博士的邀请，小炫真幸运。”小胜一脸羡慕。
“各位，我一直在等你们呢！”一个蓝色短发，身穿白色大褂的男子从里面走了出来。
“欢迎来到我的研究所！”荣格表示欢迎。
“荣格，好久不见了。”大木博士回答。
“很高兴认识你，我是小智！”接着众人都介绍了一番，小炫也没有例外。毕竟这是起码的尊重。
“博士，好久不见了。还有很高兴见到各位。”荣格回答。
“我是荣格博士。”
小炫看着眼前的荣格博士，敏锐的他，发现了有点不对劲，不过一想到自己的准备，就没有在意。
“对了，荣格博士，你那套新的对战系统到底在什么地方？”小智一脸迫不及待。
“各位正处于其中呢！”
众人不断的转头，看向四周。
“那么，我来给你们展示一下。”荣格拿出了一个操作装置，按了几个按钮。
庭院地上的半圆，突然发出亮哥，并且有光线把他们连接在一起，形成一个个六边形，如同蜂巢一样。
“这是什么？”
“地面在发光！”众人一阵疑问。
“难道是幻影领域！”大木博士好像知道一些。
听到幻影领域这四个字，小炫的脑海中出现了许多信息！
没想到一个意料之外的电话，打断了小炫的安排。
清晨，小炫整理好着装，准备下去吃饭。
这时，乔伊小姐告诉了有他的留言。
小炫一脸疑问，自己这是怎么回事，他給彩子阿姨通过话了，说明不是彩子的。那是谁的？
难道是小光？小雪姐？山梨博士？还是谁？
或许是不重要的人，小炫没有急切，而是慢调丝柳地走向电话台。
点开留言，发现是真新镇的大木博士，小炫有点惊讶，大木博士找自己有什么事？自己应该没有什么事与大木博士有关？
小炫立马给大木博士打了回去，屏幕上出现了大木博士的身影，此时大木博士拿着一碗泡面，正在香甜的吃着。
“咦，小炫，终于回信了。”大木博士停止了吃面。
“大木博士要少吃泡面，对身体不好。找我有什么事吗？”小炫问道。
“小炫，我受到了一位叫荣格的邀请，就在秋叶真附近，如果你有空的话，我希望你也去，我们在那里汇合！”大木博士说明自己的来意。
“为什么？”小炫不解，这个荣格博士和自己没关系，自己为什么去，凭什么去，感觉没有面子。
“人老了，总会有点疑神疑鬼，最近我感觉有事要发生。”大木博士一脸严肃的说道。
“好吧，就当我是关爱老人家吧。”小炫同意了。
“好，那我们荣格博士的研究所附近汇合。”大木博士准备挂断电话。
“再见！”小炫也挂断电话。
小炫收拾了一下，就向乔伊小姐打听荣格博士研究所的位置，确定位置后，小炫出发了。
在小炫走后不久，小智一些人来到了紫堇市，准确来说是直接到了紫堇道馆的门口。
真是造化弄人！
小炫刚走，小智就来了。
正在赶路的小炫，在思考荣格博士的事，对于荣格博士的剧情，小炫记得不清楚，总之没有好事。
小炫一路走的非常慢，他在等小智。
如果自己去早，一定会打乱剧情发展，还是等小智一行人保险。
一连等了好几天，听力非常好的小炫听到了远处的动静。
“亲爱的小智，你作为神奇宝贝训练家颇有造诣，所以想邀请你来挑战我最新研发的对战系统，请务必前来我的研究所，荣格博士。”一个非常认真的声音响起，一听就是小智的声音。
小炫一看果然是小智一行人，正在赶路，应该也是去荣格博士的研究所。
“说我是优秀的神奇宝贝训练家呢。”小智一脸高兴。
“小智真是的，这封信你要读几遍才够啊！”小遥说道。
“不过那是个怎么样的对战系统呢？”小胜一脸好奇。
“我也很有兴趣知道啊！”小刚说道。
小炫一路上暗中跟着小智一行人，来到了一座建立在河畔边的雄伟城堡。
看到小智等人走进了城堡，小炫也光明正大的走了进去。
进入城堡后，小炫发现大理石铺救的地面上有许多半圆部分，应该是照明设备。
小炫没有继续想，而是看向前方，只见前方除了小智一行人还有两个人。
其中一个一头灰白的头发，身穿白色大褂，正是之前和小炫通话的大木博士。另一个是个少女，橙色单斜马尾辫，黄色短衬衫，加黄色短裤，背着一个粉色的包。
小炫一看就猜到是谁了，第一代女主，陪伴小智时间最长的女主，自称“人鱼公主”的，小霞！
此时小霞正在和小智谈话，又一点像争辩什么。
“大家都在啊！”小炫的声音，打破了整个场面。
“小炫，你也来了！”小智急忙看向小炫。
小炫点了点头。
“嗷，对了！小炫这是你的邀请函！”小刚拿出一封信，递给小炫。
小炫接过大体的看了一遍，明白了其中的内容。
“原来荣格博士也邀请了我！”小炫微笑道。
“难道，你不是吗？”小霞问道。她可是接到邀请函才来的，这个人竟然不知道。
“嗯，我是因为大木博士的邀请才来的！”小炫尴尬的摸了摸后脑勺，解释道。毕竟他不知道自己有邀请函。
“小炫，你的邀请函是和小智的一起送来的，不过一直没有找到你的人影，我们就帮你带着，准备见到后给你。”细心的小刚解释着。
“谢谢！”小炫向小刚道谢。
小刚摆了摆手，向大木博士问道：“大木博士也是收到荣格博士的邀请函了吧。”
“是的，我听说荣格七年的研究终于出成果，所以就过来一趟。另外，我邀请小炫一起到这里。”大木博士回答。
“大木博士的邀请，小炫真幸运。”小胜一脸羡慕。
“各位，我一直在等你们呢！”一个蓝色短发，身穿白色大褂的男子从里面走了出来。
“欢迎来到我的研究所！”荣格表示欢迎。
“荣格，好久不见了。”大木博士回答。
“很高兴认识你，我是小智！”接着众人都介绍了一番，小炫也没有例外。毕竟这是起码的尊重。
“博士，好久不见了。还有很高兴见到各位。”荣格回答。
“我是荣格博士。”
小炫看着眼前的荣格博士，敏锐的他，发现了有点不对劲，不过一想到自己的准备，就没有在意。
“对了，荣格博士，你那套新的对战系统到底在什么地方？”小智一脸迫不及待。
“各位正处于其中呢！”
众人不断的转头，看向四周。
“那么，我来给你们展示一下。”荣格拿出了一个操作装置，按了几个按钮。
庭院地上的半圆，突然发出亮哥，并且有光线把他们连接在一起，形成一个个六边形，如同蜂巢一样。
“这是什么？”
“地面在发光！”众人一阵疑问。
“难道是幻影领域！”大木博士好像知道一些。
听到幻影领域这四个字，小炫的脑海中出现了许多信息！
这是幻影神奇宝贝的主谋，主要是荣格博士想用幻影神奇宝贝取代神奇宝贝。
小炫已经无意似有意的看了荣格一眼，如果没记错的话，面前的荣格应该是个幻影，不是荣格本人。
难怪之前小炫就觉得不对劲，原来是这样。小炫恍然大悟。
“没错，他们可以在其中自由活动。”荣格承认了幻影领域，对着装置又按了几下。
地面上的半圆，释放出几道光线，三只神奇宝贝从光线中出来。
“哇！看那些！”
“多刺菊石兽，镰刀盔，还有太古盔甲。”看着眼前的神奇宝贝，小刚非常惊讶。
“幻影神奇宝贝！”
“也就是说你的幻影系统已经完成了吗？”大木博士惊讶道。
“是的。”荣格回答。
“以神奇宝贝的数据为基础，声音智慧还有躯体，能组成神奇宝贝完整个体的系统。由此诞生的它，理所当然被称为…幻影神奇宝贝！”
“幻影神奇宝贝！”
“他们确实跟真的别无二致！”
众人走向幻影神奇宝贝，除了小炫。
小胜摸了摸幻影神奇宝贝，惊讶道：“果然就像真的神奇宝贝一样。”
“当然了，不仅可以参与对战，灭绝的神奇宝贝，稀有的，神秘的神奇宝贝，所有的神奇宝贝都能见到。换而言之，这将促成神奇宝贝研究的飞速发展。”荣格解释着。语气中掺杂着难以抑制的兴奋。
“那么接下来是…”三只幻影神奇宝贝小失望，一只浑身铠甲的神奇宝贝出现在众人面前。
是波士可多拉，不应该称为幻影波士可多拉！
“是波士可多拉！”小胜认出了面前的神奇宝贝。
“小智，小霞，小炫，你们有兴趣挑战我的幻影神奇宝贝吗？”荣格看向智霞炫三人。
“当然，我们就是因为这个来的。”小智一脸兴奋。
“等一下。”小霞制止了小智，“我先开始对战，女士优先嘛！”
小霞对着小智眨了眨眼。
“切！”小智表示不跟女生一般见识，然后两人同时看向一旁的小炫。
小遥看着面前的一幕，感觉小智和小霞很般配，就是不知道以后出场的沙莉娜怎么样。
两人看向小炫，小炫说道：“那么先吧，我最后。”
“那么让我们上对战场地去吧！”荣格对着大木博士说道，然后领着大木前往对战场地。
对战场地上，大木博士当起了裁判，竟然不是小刚，有点难得。
“马上将举行荣格博士与华蓝道馆馆主小霞的神奇宝贝对战，使用的神奇宝贝为一只，当任何一方不能继续战斗时，对战结束。”大木博士说明了规则。
“去吧，我的最爱！”小霞放出了一只神奇宝贝，是海星星，水系神奇宝贝。
小霞是专攻水系神奇宝贝的，可以说是他的神奇宝贝都是水系的，很少有其他属性的神奇宝贝。
小炫注视着海星星出神，自己好像没有水系的神奇宝贝这样在水中对战很吃亏。小炫决定要收服一只水系的神奇宝贝。
“正如你说的女士优先，那么你先来攻吧！”荣格博士还是有点绅士风度的，知道要让着女生。与之相比，小智就是一个榆木疙瘩，木头脑袋，朽木不可雕也！
“好，我就不客气了！”小霞一脸迫不及待。
“开始！”大木博士宣布比赛开始。
“海星星，泡沫光线！”小霞下令道。
海星星快速的释放出许多泡泡击中了波士可多拉，激起一阵烟尘。
“好，直接命中！”小霞一脸高兴。
“波士！”烟尘散去，波士可多拉怒吼了一声，完全没有任何伤害。
“竟然完全没事！”小遥惊讶道。众人一阵惊讶。
“波士可多拉，沙尘暴！”波士可多拉脚一踩地面，出现了一阵龙卷风冲向海星星。
“避开！”海星星跳起来避开了，可是龙卷风竟然转变方向击中了空中的海星星。
海星星掉在地上，受了伤。
“海星星！”小霞担心道。
众人惊讶，小霞竟然没有任何优势，就被打败了。
“那只波士可多拉很强啊！”
“那就是幻影神奇宝贝的实力啊！”小刚小智惊叹。
皮卡丘看向城堡的墙壁上，好像发现了什么。
“不要认输啊！海星星，水枪！”小霞一脸紧张，应该是感到了压力。海星星释放出了强劲的水枪。
“避开后，使用电磁波！”波士可多拉轻轻一抬手就避开了，然后将手深入水枪中，释放电磁波。
水导电，电磁波顺着水枪击中了海星星。
“海星星！”海星星被击中，水枪被打断。
“就是现在，波士可多拉，种子机关枪！”波士可多拉向海星星释放出许多绿色的光弹。
海星星被击中，倒在地上，失去了战斗能力。
“海星星失去战斗能力，波士可多拉获胜，胜利者是荣格博士。”大木博士宣布结果。
小霞收起了海星星，有点失落“海星星辛苦你了，好好休息吧！”
“但是，刚才的绝招…”小霞一脸不解。
“就是啊！波士可多拉不应该会电磁炮和种子机关枪等攻击啊！”知识丰富的小胜一脸疑问，说出了大家都疑惑。
“这只波士可多拉是一只幻影神奇宝贝。通过操控输入的数据，就可以自由改变招式和属性。”荣格博士走到波士可多拉旁边，解释道。
“荣格博士，我觉得没有比下去的必要了，神奇宝贝是有自己的生命，每个神奇宝贝的是独特的，正如他们的特性和绝招，如果你的只是一团数据那么就没有继续比下去的必要。”小炫有点反感。
“嗯，不过我的幻影神奇宝贝是非常厉害的！”荣格博士回答。
“太厉害了，这让我越来越兴奋啊！”小智一脸兴奋，没有意识的问题。
“好，荣格博士，接着该我们上了。”
对战场地，双方的站好了位置。
“荣格博士对小智一对一的比赛，开始！”大木博士宣布比赛开始。
“皮卡丘，冲过去！”皮卡丘冲向波士可多拉。
“波士可多拉，我们这边也冲过去！”波士可多拉冲向皮卡丘。
这时，冲向皮卡丘的波士可多拉的身体一阵模糊，停止了动作。
皮卡丘停下脚步，看着波士可多拉。
“怎…怎么了？”小智问道。
“这是…荣格博士，到底怎么了？”大木博士问道。
“我…我也不知道，突然失去控制了。”荣格博士一脸紧张，调整着装置。
这时，操作装置突然炸了，荣格博士跌在地上。
操作装置的毁坏后，波士可多拉化为光芒消散了。
“消失了！”小智惊讶。
“荣格你还好吗？”大木博士扶起荣格。
“还好！”荣格站了起来。
小炫觉得好戏登场了，他要结束这场无聊的闹剧。
这时，地上的半圆形有发出光芒，许多神奇宝贝出现在众人面前。
“那是…刚才的幻影神奇宝贝！”
“这次化石翼龙也出现了！”众人惊讶，小炫的手拿着神奇宝贝球准备应对接下来的事情。
“可是怎么会？我的控制器坏掉了，这到底是怎么了？”荣格博士一脸不解。
“哈哈哈…”
“荣格博士，你的幻影系统现在已经是我的了。居然是幻影神奇宝贝只是一团数据，真是无知。”一个神秘人站在城墙上。神秘人身披披风，戴着面具，感觉很邪恶。
“什么！你是谁？”小智大叫。
“我的名字是幻影的主谋者。”神秘人回答。
“幻影的主谋者！”
“你想拿我的幻影系统做什么？”荣格博士问道。
“去吧，幻影神奇宝贝，让这群无知的人知道幻影神奇宝贝的厉害！”神秘人没有回答，而是命令幻影神奇宝贝们。
幻影神奇宝贝们冲向众人。
“我们不可能击退那么多幻影神奇宝贝的，大家快逃！”大木博士喊道。
两只化石翼龙冲向大木和荣格两位博士。
“去吧，皮卡丘，十万伏特！”小智派出皮卡丘阻挡化石翼龙。
皮卡丘释放出狂暴的电流，可是都被化石翼龙躲开了，并且一只化石翼龙抓住了荣格博士，带走了他。
“救我！”
“荣格！”大木博士大叫。
荣格博士被化石翼龙带到了神秘人身后的城堡中，没有了踪影。
幻影神奇宝贝们冲向众人，大木博士立马下达了决定。
“事已至此，已经没有其他办法了，大家先到外面去。”众人急忙向大木的方向跑去。
众人下了楼梯，向门跑去。
“幻影神奇宝贝只能在幻影系统里行动，所以不可能追到门外。”大木博士将自己知道的说了出来。
“没那么容易。”神秘人操纵装置。
幻影太古盔甲释放出影子球，击中了小胜，小胜倒在地上。
“小胜！”众人大惊。
大木博士扶起小胜继续跑。
神秘人又操作了装置，幻影神奇宝贝都去追小炫一行人，大木博士直接无视。
